とある出会いから死神の力を手にし《死神代行》となった黒崎一護は、
現世で死した魂魄が集う場所・尸魂界の動乱に巻き込まれ、熾烈な戦いの中、
仲間と共に大きく成長を遂げてきた。

そんな一護の暮らす空座町で異変が起こる。
新たなる死神と、新たなる敵の出現。
そして救いを求める声。
一護は再び斬魄刀を取り、戦場へと旅立つ。

一方、尸魂界では、現世における突然の虚の連続消失が観測され、
この地へ導かれた魂が暮らす流魂街での住民達の失踪が発生、
さらには死神たちの住む霊屋・瀞霊廷が賊軍に襲撃される。
賊軍の正体は、滅却師の始祖・ユーハバッハが率いる《見えざる帝国》。
《見えざる帝国》は、死神たちに宣戦布告する。